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Peu communMesurant moins de 2 cm, Hippocampus japapigu est l'un des plus petits hippocampes, et même poissons, au monde. Il est de couleur jaunâtre à brun avec un motif d’écailles. Il possède des petites excroissances rougeâtres qui rappellent parfois la forme d'un corail. Décrit en 2018, la caractéristique principale le séparant des autres espèces est sa crête dorsale surélevée.
La reconnaissance est assez aisée. Les mâles possèdent une poche sur l'ensemble du tronc, plus ou moins visible en fonction de la période. Les femelles sont plus fines. Lorsqu'elles sont pleines, on peut observer un abdomen plus rebondi.
Cet hippocampe utilise son mimétisme pour se confondre dans la végétation. Il est spécialisé dans la chasse aux micro-organismes marins.
Cette espèce semble monogame. On ne sait pas à ce jour si la reproduction est saisonnière ou annuelle.
L'Hippocampus japapigu, plus communément appelé hippocampe pygmée du Japon, est un hippocampe nain originaire de la zone Indo-Pacifique. Il est seulement recensé dans le sud-est subtropical du Japon, dans des zones de coraux et d'herbiers.
